Senati juurde kuuluva teaduskomisjoni ülesandeks on EMTA teadustegevusega seotud küsimuste arutamine ning teadustegevust reguleerivate senati otsuste ja määruste ettevalmistamine.
Teaduskomisjon moodustatakse rektori käskkirjaga üheks õppeaastaks. Teaduskomisjoni tööd juhib õppe- ja teadusprorektor, koosolekud toimuvad vähemalt korra semestris.
2024/25 õppeaasta teaduskomisjoni kuuluvad: Margus Pärtlas, õppe- ja teadusprorektor (komisjoni esimees), Kristel Pappel (doktoriõppe keskuse juhataja), Kaari Kiitsak-Prikk (muusikateaduse, interpretatsiooni- ja muusikapedagoogika ning kultuurikorralduse osakonna peakoordinaator), Kerri Kotta (muusikateaduse õppe juht), Lembit Orgse (interpretatsioonipedagoogika õppe juht), Kristi Kiilu (muusikapedagoogika õppe juht), Kai Kiiv (kultuurikorralduse õppe juht), Madli Pesti (lavakunsti osakonna vanemteadur), Anu Schaper (teadur, EMTA kirjastuse tegevtoimetaja), Veeda Kala (muusikateadusliku suuna doktorant), Valle-Rasmus Roots (loovuurimusliku suuna doktorant), Tuuli Põhjakas (muusikateaduse eriala magistrant), Kristel Karu-Kletter (teadussekretär).