Rektoraat juhib EMTA õppe-, loome, teadus- ja arendustegevust. Rektoraati kuuluvad rektor, prorektorid ja haldus- ja finantsdirektor.
Prof Ivari Ilja
Rektor
Prof Margus Pärtlas
Õppe- ja teadusprorektor
Prof Henry-David Varema
Loometegevuse ja välissuhete prorektor
Sille Roots
Haldus- ja finantsdirektor