EMTA struktuur jaguneb akadeemiliseks struktuuriks ning haldus- ja tugistruktuuriks. Akadeemilised üksused viivad läbi õppetööd ning teevad loome-, teadus- ja arendustööd. Haldus- ja tugiüksused tagavad akadeemia toimimise ning pakuvad õppe-, loome-, teadus ja arendustööks vajalikke tugiteenuseid. Akadeemia tegutseb EMTA seaduse, kõrgharidusseaduse, oma põhikirja ja muude õigusaktide alusel. Lisaks seadusandlikule raamistikule on akadeemia tegutsemise aluseks akadeemia üldine arengukava, mille juurde kuuluvad iga-aastased tegevuskavad ja allüksuste arengukavad.

Eesti Muusika- ja Teatriakadeemiat juhivad nõukogu, senat ja rektor.

Nõukogu on akadeemia juhtorgan, kes vastutab akadeemia pikaajalise ja kestliku arengu ning oluliste majandus-, finants- ja varaga seotud otsuste tegemise eest, tagades akadeemia eesmärkide saavutamise. Nõukogu moodustatakse akadeemia seaduses sätestatud korras, nõukogu koosseisu määrab viieks aastaks Vabariigi Valitsus korraldusega valdkonna eest vastutava ministri ettepanekul. Nõukogu nõuandev organ on auditikomitee.

Senat on akadeemia akadeemiline otsustuskogu, kes vastutab akadeemia teadus-, arendus-, loome- ja õppetegevuse eest ning tagab selle kõrge kvaliteedi. Senati koosseisu kuulub kuni 25 liiget, sh: rektor, kes on senati esimees; teised rektoraadi liikmed; õppeosakonna juhataja; doktorinõukogu esimees; doktorinõukogu aseesimees; akadeemiliste osakondade juhid; akadeemiliste töötajate esindajad; üliõpilaste esindajad. Senati nõuandvad organid on õppekomisjon ja teaduskomisjon.

Rektor on akadeemia seaduslik esindaja, kes lähtub akadeemia juhtimisel akadeemia põhikirjast, arengukavast, eelarvest ja teistest strateegilistest dokumentidest.

Rektoraat on akadeemia tegevjuhtkond. Rektoraati kuuluvad rektor, prorektorid ning haldus- ja finantsdirektor.

Üliõpilaskonna esindusorgan on üliõpilasesindus, mille valimise õigus on kõigil üliõpilastel. Üliõpilasesinduse roll on üliõpilaskonna huvide ja õiguste kaitsmine, üliõpilaskonna esindamine nii kõrgkoolis kui ka väljaspool kõrgkooli, üliõpilaskonna informeerimine oma tegevusest ning muud üliõpilaskonna eesmärkidega kooskõlas olevad ülesanded. Üliõpilaskonna tegutsemise alused sätestatakse üliõpilaskonna põhikirjas.

Akadeemiliste üksuste juhtimine

Akadeemilistel üksustel on otsustuskogu ja juht, kes valitakse või nimetatakse ametisse tähtajaliselt senati kehtestatud korras. Otsustuskogu ja juhi täpse nimetuse ja pädevuse kehtestab senat. Akadeemilisi üksusi juhitakse vastavalt osakonna põhimäärusele.