Varajase muusika õpe tegeleb muusikaajaloo stiilidega kuni klassitsismini. Tegevuse väljunditeks on barokkinstrumentide õpetamine nii põhiainena kui ka valikaine võimalusena. Tähtsal kohal on individuaalõpe ja ansamblite koosmäng, lisaks toimuvad meistrikursused, loengud ja seminarid ning arendatakse koostööd teiste Euroopa ülikoolidega. Traditsiooniliselt toimub märtsis vanamuusikafestival Ceciliana, kus lisaks EMTA üliõpilastele ja õppejõududele osalevad mitmete Euroopa muusikakõrgkoolide üliõpilased ja pedagoogid.